تقع الخليل ضمن هضبة التوائية ثلاثية العمر تعرضت للحت والتعرية فتحولت الى مجموعة قمم جبلية تخترقها اودية وقد نشات المدينة في احد هذه الاودية على سفحي الجبلين المذكورين وارتفاع 927م عن سطح البحر، ويختلف اسم الوادي على طول مجراه فيعف في بدايته باسم وادي القناة ثم وادي سبتة ثم وادي التفاح الذي يخترق الخليل حيث الاسواق المركزية والمدينة القديمة ثم يعرف بعدها بوادي سابيا فوادي القاضي ثم ودي الخليل بعد موقع قرية الظاهرية حتى يصب في وادي غزة الذي ينتهي بدوره في الحر المتوسط.

اما صخور منطقة الخليل فيغلب عليها الحجر الكلسي الذي يساعد على انتشار المظاهر الكارستية كالمغاور والينابيع الفلكلورية المتمثلة في عدد كبير من العيون كعين سارة ونمرة وعرب وغيرها،وهناك عيون كثيرة تنتشر في المنطقة المحيطة بالمدينة مباشرة واهمها ينابيع الفوار التي جرت مياهها بانابيب لتزويد المدينة بمياه الشرب منذ الثلاثينات.

ونتيجة للاوضاع المناخية والصخور السائدة تكونت في منطقة الخليل تربة البحر المتوسط الوردية (التيرا روزا) الرقيقة التي حفظها السكان من الانجراف بالمدرجات التي يسمونها حبايل ورافق ذلك كله انتشار غطاء نباتي خفيف من بقايا الغابة المتوسطية المتقهقرة والاعشاب المتفرقة.

جبال الخليل هي القسم الجنوبي من سلسلة مرتفعات وسط فلسطين، وهي اعلى واطول واعرض مجموعة جبلية في فلسطين ، اذ يندر ان تقل ارتفاعات قممها عن 900م عن سطح البحر، ويرتفع جبل حلحول شمال الخليل الى 1020 م ويبدو فارق الارتفاع المطلق اعظم اذا نظر الى سطح البحر الميت ، المواكب للجانب الشرقي من هذه الجبال .فسطحه دون مستوى سطح البحر ب 402 م ولذا يزيد التضرس المطلق على 1400 بين ذروة جبل حلحول ومياه البحر الميت عبر مسافة افقية لا تتجاوز 30كم ويرجع السبب في ذلك الى انتصاب الحوائط الجرفية للحفرة الصدعية التي يشغل البحر الميت ادنى بقاعها.